Sau chiến dịch, giữa Bộ Tổng tham mưu Liên Xô và Bộ Quốc phòng của Chính phủ lưu vong do Edvard Beneš lãnh đạo ở London đã có những mâu thuẫn về sự tồn tại của Quân đoàn Tiệp Khắc 1. Sau khi bị huyền chức, tướng Ján Kratochvíl, nguyên tư lệnh Quân đoàn Tiệp Khắc 1 đã viết một báo cáo cho Ingram Piqué, Bộ trưởng Quốc phòng của Chính phủ Edvard Beneš. Trong báo cáo, Ján Kratochvíl buộc tội Ludvik Svoboda chỉ huy kém, đã làm cho Quân đoàn Tiệp Khắc 1 bị thiệt hại nặng. Ông ta cho rằng trong Quân đoàn Tiệp Khắc 1 hiện thời có rất nhiều "tay sai" của Moskva. Tướng Ingram Piqué đem nguyên bản báo cáo của Ján Kratochvíl trình lên Tổng thống Edvard Beneš. Tại cuộc họp giữa Edvard Beneš với các chỉ huy chiến trường của Liên Xô và Tiệp Khắc tại Kosice, ông này đã trách mắng thậm tệ Ludvik Svoboda. Ludvik Svoboda cho rằng Edvard Beneš đã nghe những báo cáo sai lệch và mời tổng thống đi thăm chiến trường Dukla. Ngày hôm sau, Edvard Beneš nhận lời mời và được đưa đi thăm các khu phòng thủ kiên cố của quân Đức vừa bị quân đội Liên Xô và Tiệp Khắc đánh chiếm. Ludvik Svoboda còn mời Edvard Beneš đi thăm khu phòng thủ của quân Đức tại Hạ Komarnika và nói trước rằng những gì được trông thấy ở đó còn kinh khủng hơn cả ở Dukla. Lần này thì Edvard Beneš từ chối và thừa nhận:

Mặc dù Quân đoàn Tiệp Khắc 1 vẫn còn duy trì được 2/3 quân số nhưng nhận thấy bản báo cáo của Ján Kratochvíl hợp với ý tưởng của cá nhân mình, ngày 28 tháng 10 năm 1944, Ingram Piqué yêu cầu tướng Heliodor Píka, trưởng phái đoàn quân sự Tiệp Khắc ở Moskva đề nghị phía Liên Xô cho giải thể Quân đoàn Tiệp Khắc 1 vì Bộ Quốc phòng Tiệp Khắc nhận thấy nó không còn có khả năng bổ sung quân số. Chính phủ Tiệp Khắc lưu vong ở London còn đề nghị chỉ tổ chức 1 Lữ đoàn Tiệp Khắc với 3 đến 4 tiểu đoàn, giải tán các đơn vị pháo binh, xe tăng và máy bay để lấy quân bổ sung cho bộ binh.[43] Không những thế, Ingram Piqué còn yêu cầu không được tuyên truyền chống Đức Quốc xã trong các đơn vị Tiệp Khắc.[15]

Bộ Tổng tư lệnh tối cao Liên Xô không thể đồng ý với những đề nghị đó. Phía Liên Xô cho rằng Chính phủ Edvard Beneš và cá nhân Ingram Piqué muốn thủ tiêu hạt nhân của binh đoàn này. Còn về yêu cầu không được tuyên truyền chống Đức Quốc xã thì phía Liên Xô đã đề nghị Edvard Beneš kiểm tra lại xem Ingram Piqué đứng về bên nào trong cuộc chiến này. Những ồn ào ở London đã được dẹp yên khi Hội đồng quân sự Phương diện quân Ukraina 1 phản kháng đề nghị giải thể Quân đoàn Tiệp Khắc 1. Trong báo cáo gửi về STAVKA ngày 30 tháng 10, I. S. Konev, K. V. Kraynyukov và V. D. Sokolovsky chứng minh rằng họ có thể phục hồi quân số của Quân đoàn Tiệp Khắc một trong thời gian không quá một tháng. Từ cuối tháng 10, cơ quan chính trị của Phương diện quân Ukraina 1 đã cho phép Ban tham mưu Quân đoàn Tiệp Khắc 1 tổ chức tuyển quân tình nguyện từ những cộng đồng dân cư Slovakia sinh sống tại lãnh thổ Tây Ukraina. Những chiến sĩ Tiệp Khắc đã có kinh nghiệm chiến đấu được đưa lên vị trí chỉ huy thay thế các cán bộ đã tử trận, trong đó có 600 hạ sĩ quan được thăng cấp bậc hàm lên sĩ quan. Phía Liên Xô cũng lấy từ nguồn dự trữ của mình cấp bổ sung đủ vũ khí, đạn dược, trang bị và 50.000 bộ trang phục được may theo mẫu của quân đội Tiệp Khắc cho các đơn vị của quân đoàn.[15]

Tuy nhiên, Ingram Piqué và bộ tham mưu của ông này ở London vẫn chưa thừa nhận sai lầm của họ. Tướng Hasal cùng một số sĩ quan cánh hữu trong quân đội Tiệp Khắc đến từ London đã đi sang vùng Transcarpath thuộc Ukraina để vận động người dân chống lại cuộc tuyển quân này. Việc nhóm sĩ quan của Hasal tự tiện xâm nhập lãnh thổ Ukraian đã vi phạm thỏa thuận giữa Liên Xô và Tiệp Khắc về phạm vi hoạt động của các viên chức ngoại giao và sĩ quan Tiệp Khắc ở Liên Xô. Chính phủ Liên Xô gửi công hàm phản đối đến Edvard Beneš và kết quả là nhóm sĩ quan do Ingram Piqué cử đến buộc phải rời khỏi vùng sau mặt trận của Phương diện quân Ukraina 1. Trò "chọc gậy bánh xe" của Ingram Piqué và những người đồng mưu với ông ta thất bại. Quân đoàn Tiệp Khắc 1 đã phục hồi lại sức mạnh của mình và chuẩn bị tham gia Chiến dịch Tây Carpath.[42]